MASAK raporlarına göre Cumhuriyet Vakfı'nın başına Atalay geçtikten sonra gazeteye Kaynak Holding'den para akışı olduAtalay, Can Dündar'ı getirerek yayın politikasını değiştirdi. Gazete bu dönemde FETÖ'cü hakim ve savcıların istismarına uğradıFETÖ ve PKK'nın kara propagandalarına destek veren haberleriyle dikkat çeken Cumhuriyet'e yönelik operasyonun arkasından olağandışı para akışı çıktı. İsmini açıklamak istemeyen eski bir Cumhuriyet çalışanı, gazetenin FETÖ ve PKK kontrolüne girmesini adım adım anlattı. Buna göre, 2014'te Cumhuriyet Vakfı İcra Kurulu Başkanlığı'na usulsüz genel kurulla gelen Akın Atalay'dan sonra gazeteye Kaynak Holding'den büyük miktarda para akışı oldu.
MASAK DA TESPİT ETTİVakıf yönetimini ele geçirdikten sonra gazetenin genleriyle oynayan Atalay, ilk iş olarak Can Dündar'ı genel yayın yönetmenliğine getirdi. Atalay geldikten sonra gazeteye çuval çuval para akışı oldu ve gazetede hiçbir ekonomik sıkıntı kalmadı. Genel Kurul'la ilgili yapılan suç duyurusu üzerine Mali Suçları Araştırma Kurulu (MASAK) soruşturma başlattı. MASAK ekipleri, muhasebe kayıtlarını inceledi. Yapılan inceleme sonucunda gazetenin muhasebe giriş çıkışlarında olağandışı para akışı belirlendi. Para, iddia edildiği gibi, 2014'ten sonra artmıştı. Gazetenin eski muhasebe müdürü Bülent Yener ile mevcut muhasebe müdürü Günseli Özaltay da bu kapsamda gözaltına alındı. Bu arada soruşturma kapsamında Akın Atalay hakkında yakalama kararı çıkarıldı.