Yunan ekipleriyle ilk kez 2002-2003 sezonunda karşılaşan Fenerbahçe, UEFA Kupası 2. tur mücadelesinde eşleştiği Panathinaikos'la sahasında 1-1 berabere kalırken, deplasmanda 4-1 mağlup olarak Avrupa'dan elendi.
Sarı-lacivertli ekip, bir sonraki Yunanistan eşleşmesini ise 8 yıl sonra 2010-2011 sezonunda yaşadı.
UEFA Avrupa Ligi play-off turunda PAOK ile eşleşen Fenerbahçe, deplasmanda 1-0 kaybettiği rakibine karşı sahasında normal süreyi 1-0 önde tamamladı. Ancak PAOK, uzatma bölümlerinde attığı golle skoru 1-1'e getirerek Avrupa'da tur atlayan taraf oldu.
- Sadece Atromitos karşısında kazandı
Fenerbahçe'nin Yunanistan takımlarına karşı galibiyet alabildiği tek ekip, Atromitos oldu.
2015-2016 sezonunda UEFA Avrupa Ligi play-off turunda Yunanistan temsilcisi Atromitos ile eşleşen sarı-lacivertli takım, deplasmanda 1-0 kazandığı maçın rövanşını da 3-0'lık skorla geçerek gruplara kalmayı başardı.
Fenerbahçe, yarın UEFA Avrupa Konferans Ligi çeyrek finalinde karşılaşacağı Olympiakos'la 2021-2022 UEFA Avrupa Ligi D Grubu'nda da karşı karşıya geldi.
İstanbul'da oynanan mücadeleyi 3-0 kaybeden sarı-lacivertli takım, Atina'daki karşılaşmadan da 1-0'lık yenilgiyle ayrıldı.
Grupta oynadığı 6 maçta 1 galibiyet, 3 beraberlik ve 2 yenilgi alan Fenerbahçe, mağlubiyetlerinin ikisini de Olympiakos karşısında yaşadı.
- Olympiakos'a karşı ilk galibiyeti arayacak
Fenerbahçe, Olympiakos karşısında yarın ilk galibiyetini arayacak.
UEFA Avrupa Konferans Ligi çeyrek final ilk maçında rakibine 3-2 yenilen sarı-lacivertliler, rakibiyle oynadığı 3 müsabakadan da boynu bükük ayrıldı.
Yunanistan temsilcileri karşısında oynadığı 9 karşılaşmada 2 galibiyet, 2 beraberlik ve 5 yenilgi yaşayan Fenerbahçe, bu karşılaşmalarda 9 gol atarken, kalesinde ise 14 gol gördü.