İsviçre'nin Nyon kentinde düzenlenen kura çekimine 2. ön eleme turunu geçecek 17 takım ile organizasyona 3. ön eleme turumdan katılan takımlar yer aldı. Medipol Başakşehir, bu turda Belçika'nın Club Brugge takımıyla eşleşti.
Medipol Başakşehir, ilk maçını deplasmanda 25 veya 26 Temmuz'da, rövanşı ise evinde 1 veya 2 Ağustos'ta oynayacak.
Seribaşı olan ve olmayan takımlar ile liginde şampiyonluk yaşayan takımları birbirleriyle eşleştirmek amacıyla yeni formatta yapılan kura çekiminde eşleşmeler şöyle oluştu:
Lig rotası:
Steaua Bükreş (Romanya) - Viktoria Plzen (Çekya)
Nice (Fransa) - Ajax (Hollanda)
Dinamo Kiev (Ukrayna) - Young Boys (İsviçre)
AEK (Yunanistan) - CSKA Moskova (Rusya)
Club Brugge (Belçika) - Medipol Başakşehir (Türkiye)
Şampiyonlar rotası:
1. Grup:
Slavia Prag (Çekya)/BATE (Belarus) - Alashkert (Ermenistan)
Spartaks Jürmala (Letonya)/Astana (Kazakistan) - Mariehamn (Finlandiya)/Legia (Polonya)
Zrinjski (Bosna Hersek)/Maribor (Slovenya) - Hafnarfjördur (İzlanda)/Vikingur (Faroe Adaları)
Zilina (Slovakya)/Kopenhag (Danimarka) - Malmö (İsveç)/Vardar (Makedonya)
Linfield (Kuzey İrlanda)/Celtic (İskoçya) - Dundalk (İrlanda Cumhuriyeti)/Rosenborg (Norveç)
2. Grup:
Hapoel Beer-Sheva (İsrail)/Honved (Macaristan) - Zalgiris (Litvanya)/Ludogorets (Bulgaristan)
Viitorul (Romanya) - APOEL (Kıbrıs Rum Kesimi)/Dudelange (Lüksemburg)
Hibernians (Malta)/Salzburg (Avusturya) - Rijeka (Hırvatistan)/The New Saints (Galler)
Karabağ (Azerbaycan)/Samtredia (Gürcistan) - Sheriff (Moldova)/Kukesi (Arnavutluk)
Partizan (Sırbistan)/Buducnost (Karadağ) - Olympiakos (Yunanistan)