Akif Emre, Yayıncılığa Akabe yayınlarının İstanbul temsilciliğinde başladı. Bir dönem, İnsan Yayınları'nın yayın yönetmenliğini yaptı. Yeni Şafak gazetesinin kurucuları arasında yer aldı ve genel yayın yönetmenliğini üstlendi. Ardından Küre ve Klasik Yayınları'nın genel yayın yönetmenliğini yaptı. Bilim Sanat Vakfı'nda idarecilik, Kanal 7'de Dış Haberler Müdürlüğü yaptı. Bosna Savaşı sırasında Aliya İzzet Begoviç ile ilk defa röportaj yapan gazeteci oldu.
İslam medeniyetinin sevdalı bir tutkunu30 yıllık yazarlık hayatında binlerce köşe yazısına imza attı. Sağlığında bu yazılarının bir kısmını kitaplaştırdı, bazı çalışmalarının kitaplaşması için ise planlar yaptı. Ancak hazırlıklarını tamamlamasına rağmen birçok kitabının yayımlandığını göremedi. Yayına hazırladığı veya planını çıkardığı kitapları hala yayımlanmaya devam ediyor.
Endülüs İslam uygarlığından Filistin'e, Balkanlardan Pakistan'a kadar yazı ve belgeselleriyle izini sürdüğü İslam medeniyetinin sevdalı bir tutkunu oldu.
Daha çok dış haber ve dış politika ağırlıklı projelerde çalıştı ama Akif Emre için dış haberler hiçbir zaman savaş ve çatışma ve saldırılardan ibaret değildi. Kanal 7, Yeni Şafak, Dünya Bülteni ve en son çıkardığı Haberiyat haber sitesinde dünya Müslümanlarının sorunlarını, olayların belki de birkaç adım sonrasını tarihi perspektiften ve derinden bakarak yorumlamaya çalışıyordu.
Ona göre habercilik sadece savaş, çatışma ve ölüm sayılarını rapor etmek değildi. Yönettiği tüm haber mecralarında dünya Müslümanlarının hayat tarzını ve kültürünü Türkiye’ye tanıtmaya, Türkiye’deki Müslümanları ise dünyaya tanıtmaya çalıştı. Bunun için yabancı dilde haber portalları kurdu ve yönetti.
Gerçeği arayan bir habercilik anlayışını benimsediEmre, gazetecilik mesleği boyunca çalıştığı tüm kurumlarda, spekülatif habercilik yerine politik duruşunu net bir şekilde ortaya koyan ancak hiçbir zaman hamasete kaçmayan ve gerçeği arayan bir habercilik anlayışını benimsedi. Gündelik olaylardan, fikriyata katkı sağlamayacak her eylemden uzak durdu ve görmezden geldi. Son projesi Haberiyat haber sitesinin açılışı vesilesiyle kaleme aldığı manifestoda, “Farkımız, biraz da herkese önemli olduğu telkin edilen her bilginin haber olmadığını göstermek; yani yayınladıklarımız kadar yayınlamadıklarımızın da önemli olduğunu göstermek.” diyerek, haber olarak gösterilen her şeyin aslında haber olmadığını ifade ediyordu.
İslam şehirleriyle ilgili belgesel serisinde Kudüs, Kırım, Üsküp, Selanik, Bosna - Hersek gibi Osmanlı şehirlerinde Osmanlı ve İslam’ın izini aradı.
Akif Emre yalnızca yazdıklarıyla değil aynı zamanda görsel çalışmalarıyla da hatırlanacak. Estetik kaygılarını bütün imkansızlıklara rağmen çektiği belgesellerde, yüzlerce fotoğrafa yansıttı. Fotoğraflarında ışık ve gölge; hayat ve ölüm gibi karşıt fakat dengeli ve birbirini tamamlayıcıydı.
Akif Emre'nin vefatının ardından başta Balkan ülkeleri olmak üzere birçok İslam şehrinde gıyabi cenaze namazları kılındı. Ardından onlarca yazı yazıldı, televizyon programları yapıldı.